基金は、本部を東京都に、支部を各都道府県及び指定都市に置いています。
本部は、理事長(代表者委員会が総務大臣の認可を受けて任命)の下に、補償及び福祉事業の迅速かつ公正な実施を図るための統一的な基準を作成し、その実施の確保を図る業務を担当しています。
支部は、支部長(都道府県知事又は指定都市市長)の下に、個々の具体的事案について、本部との必要な協議を行いながら、公務災害・通勤災害に該当するかどうかの認定、補償金額の決定、その支払などを担当しています。
基金の役員数は6名(常勤3名、非常勤3名)です。
基金の業務に従事している職員数(令和5年3月末日現在)は、次のとおりです。
本部 40名
支部 1,073名(うち基金業務に専ら従事する職員94名)
なお、支部では、法律に基づき、都道府県又は指定都市等の職員が支部職員として基金の業務に従事しています。
地方公務員災害補償基金の保有する情報の公開に関する規程第22条第1項第3号に基づき、基金の出資又は拠出に係る法人その他の法人に関する基礎的な情報を掲載しています。